Работа с разреженными тензорами

Посмотреть на TensorFlow.org Запустить в Google Colab Посмотреть на GitHub Скачать блокнот

При работе с тензорами, содержащими большое количество нулевых значений, важно хранить их компактно и экономно по времени. Разреженные тензоры обеспечивают эффективное хранение и обработку тензоров, содержащих много нулевых значений. Разреженные тензоры широко используются в схемах кодирования, таких как TF-IDF , как часть предварительной обработки данных в приложениях НЛП и для предварительной обработки изображений с большим количеством темных пикселей в приложениях компьютерного зрения.

Разреженные тензоры в TensorFlow

TensorFlow представляет разреженные тензоры через объект tf.SparseTensor . В настоящее время разреженные тензоры в TensorFlow кодируются с использованием формата списка координат (COO). Этот формат кодирования оптимизирован для сверхразреженных матриц, таких как вложения.

Кодирование COO для разреженных тензоров состоит из:

  • values : одномерный тензор формы [N] , содержащий все ненулевые значения.
  • indices : двумерный тензор формы [N, rank] , содержащий индексы ненулевых значений.
  • dense_shape : одномерный тензор с shape [rank] , задающий форму тензора.

Ненулевое значение в контексте tf.SparseTensor — это значение, которое не закодировано явно. Можно явно включить нулевые значения в values разреженной матрицы COO, но эти «явные нули» обычно не включаются при ссылке на ненулевые значения в разреженном тензоре.

Создание tf.SparseTensor

Создайте разреженные тензоры, непосредственно указав их values , indices и dense_shape .

import tensorflow as tf
st1 = tf.SparseTensor(indices=[[0, 3], [2, 4]],
                      values=[10, 20],
                      dense_shape=[3, 10])

Когда вы используете функцию print() для печати разреженного тензора, она показывает содержимое трех компонентных тензоров:

print(st1)
SparseTensor(indices=tf.Tensor(
[[0 3]
 [2 4]], shape=(2, 2), dtype=int64), values=tf.Tensor([10 20], shape=(2,), dtype=int32), dense_shape=tf.Tensor([ 3 10], shape=(2,), dtype=int64))

Содержимое разреженного тензора легче понять, если ненулевые values выровнены с соответствующими им indices . Определите вспомогательную функцию для красивого вывода разреженных тензоров таким образом, чтобы каждое ненулевое значение отображалось в отдельной строке.

def pprint_sparse_tensor(st):
  s = "<SparseTensor shape=%s \n values={" % (st.dense_shape.numpy().tolist(),)
  for (index, value) in zip(st.indices, st.values):
    s += f"\n  %s: %s" % (index.numpy().tolist(), value.numpy().tolist())
  return s + "}>"
print(pprint_sparse_tensor(st1))
<SparseTensor shape=[3, 10] 
 values={
  [0, 3]: 10
  [2, 4]: 20}>

Вы также можете создавать разреженные тензоры из плотных тензоров, используя tf.sparse.from_dense , и преобразовывать их обратно в плотные тензоры, используя tf.sparse.to_dense .

st2 = tf.sparse.from_dense([[1, 0, 0, 8], [0, 0, 0, 0], [0, 0, 3, 0]])
print(pprint_sparse_tensor(st2))
<SparseTensor shape=[3, 4] 
 values={
  [0, 0]: 1
  [0, 3]: 8
  [2, 2]: 3}>
st3 = tf.sparse.to_dense(st2)
print(st3)
tf.Tensor(
[[1 0 0 8]
 [0 0 0 0]
 [0 0 3 0]], shape=(3, 4), dtype=int32)

Управление разреженными тензорами

Используйте утилиты из пакета tf.sparse для управления разреженными тензорами. Такие операции, как tf.math.add , которые можно использовать для арифметических операций с плотными тензорами, не работают с разреженными тензорами.

Добавьте разреженные тензоры той же формы с помощью tf.sparse.add .

st_a = tf.SparseTensor(indices=[[0, 2], [3, 4]],
                       values=[31, 2], 
                       dense_shape=[4, 10])

st_b = tf.SparseTensor(indices=[[0, 2], [7, 0]],
                       values=[56, 38],
                       dense_shape=[4, 10])

st_sum = tf.sparse.add(st_a, st_b)

print(pprint_sparse_tensor(st_sum))
<SparseTensor shape=[4, 10] 
 values={
  [0, 2]: 87
  [3, 4]: 2
  [7, 0]: 38}>

Используйте tf.sparse.sparse_dense_matmul для умножения разреженных тензоров на плотные матрицы.

st_c = tf.SparseTensor(indices=([0, 1], [1, 0], [1, 1]),
                       values=[13, 15, 17],
                       dense_shape=(2,2))

mb = tf.constant([[4], [6]])
product = tf.sparse.sparse_dense_matmul(st_c, mb)

print(product)
tf.Tensor(
[[ 78]
 [162]], shape=(2, 1), dtype=int32)

Соедините разреженные тензоры вместе с помощью tf.sparse.concat и разберите их с помощью tf.sparse.slice .

sparse_pattern_A = tf.SparseTensor(indices = [[2,4], [3,3], [3,4], [4,3], [4,4], [5,4]],
                         values = [1,1,1,1,1,1],
                         dense_shape = [8,5])
sparse_pattern_B = tf.SparseTensor(indices = [[0,2], [1,1], [1,3], [2,0], [2,4], [2,5], [3,5], 
                                              [4,5], [5,0], [5,4], [5,5], [6,1], [6,3], [7,2]],
                         values = [1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1],
                         dense_shape = [8,6])
sparse_pattern_C = tf.SparseTensor(indices = [[3,0], [4,0]],
                         values = [1,1],
                         dense_shape = [8,6])

sparse_patterns_list = [sparse_pattern_A, sparse_pattern_B, sparse_pattern_C]
sparse_pattern = tf.sparse.concat(axis=1, sp_inputs=sparse_patterns_list)
print(tf.sparse.to_dense(sparse_pattern))
tf.Tensor(
[[0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0]
 [0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0]
 [0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0]], shape=(8, 17), dtype=int32)
sparse_slice_A = tf.sparse.slice(sparse_pattern_A, start = [0,0], size = [8,5])
sparse_slice_B = tf.sparse.slice(sparse_pattern_B, start = [0,5], size = [8,6])
sparse_slice_C = tf.sparse.slice(sparse_pattern_C, start = [0,10], size = [8,6])
print(tf.sparse.to_dense(sparse_slice_A))
print(tf.sparse.to_dense(sparse_slice_B))
print(tf.sparse.to_dense(sparse_slice_C))
tf.Tensor(
[[0 0 0 0 0]
 [0 0 0 0 0]
 [0 0 0 0 1]
 [0 0 0 1 1]
 [0 0 0 1 1]
 [0 0 0 0 1]
 [0 0 0 0 0]
 [0 0 0 0 0]], shape=(8, 5), dtype=int32)
tf.Tensor(
[[0]
 [0]
 [1]
 [1]
 [1]
 [1]
 [0]
 [0]], shape=(8, 1), dtype=int32)
tf.Tensor([], shape=(8, 0), dtype=int32)

Если вы используете TensorFlow 2.4 или выше, используйте tf.sparse.map_values для поэлементных операций с ненулевыми значениями в разреженных тензорах.

st2_plus_5 = tf.sparse.map_values(tf.add, st2, 5)
print(tf.sparse.to_dense(st2_plus_5))
tf.Tensor(
[[ 6  0  0 13]
 [ 0  0  0  0]
 [ 0  0  8  0]], shape=(3, 4), dtype=int32)

Обратите внимание, что были изменены только ненулевые значения — нулевые значения остаются нулевыми.

Точно так же вы можете следовать приведенному ниже шаблону проектирования для более ранних версий TensorFlow:

st2_plus_5 = tf.SparseTensor(
    st2.indices,
    st2.values + 5,
    st2.dense_shape)
print(tf.sparse.to_dense(st2_plus_5))
tf.Tensor(
[[ 6  0  0 13]
 [ 0  0  0  0]
 [ 0  0  8  0]], shape=(3, 4), dtype=int32)

Использование tf.SparseTensor с другими API TensorFlow

Разреженные тензоры прозрачно работают с этими API TensorFlow:

Примеры показаны ниже для нескольких из вышеперечисленных API.

tf.keras

Подмножество API tf.keras поддерживает разреженные тензоры без дорогостоящих операций приведения или преобразования. Keras API позволяет передавать разреженные тензоры в качестве входных данных для модели Keras. Установите sparse=True при вызове tf.keras.Input или tf.keras.layers.InputLayer . Вы можете передавать разреженные тензоры между слоями Keras, а также заставлять модели Keras возвращать их в качестве выходных данных. Если вы используете разреженные тензоры в слоях tf.keras.layers.Dense в своей модели, они будут выводить плотные тензоры.

В приведенном ниже примере показано, как передать разреженный тензор в качестве входных данных для модели Keras, если вы используете только слои, поддерживающие разреженные входные данные.

x = tf.keras.Input(shape=(4,), sparse=True)
y = tf.keras.layers.Dense(4)(x)
model = tf.keras.Model(x, y)

sparse_data = tf.SparseTensor(
    indices = [(0,0),(0,1),(0,2),
               (4,3),(5,0),(5,1)],
    values = [1,1,1,1,1,1],
    dense_shape = (6,4)
)

model(sparse_data)

model.predict(sparse_data)
array([[-1.3111044 , -1.7598825 ,  0.07225233, -0.44544357],
       [ 0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ],
       [ 0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ],
       [ 0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ],
       [ 0.8517609 , -0.16835624,  0.7307872 , -0.14531797],
       [-0.8916302 , -0.9417639 ,  0.24563438, -0.9029659 ]],
      dtype=float32)

tf.data

API tf.data позволяет создавать сложные конвейеры ввода из простых, повторно используемых частей. Его основная структура данных — tf.data.Dataset , которая представляет собой последовательность элементов, в которой каждый элемент состоит из одного или нескольких компонентов.

Создание наборов данных с разреженными тензорами

Создавайте наборы данных из разреженных тензоров, используя те же методы, которые используются для их построения из tf.Tensor или NumPy, например tf.data.Dataset.from_tensor_slices . Эта операция сохраняет разреженность (или разреженный характер) данных.

dataset = tf.data.Dataset.from_tensor_slices(sparse_data)
for element in dataset: 
  print(pprint_sparse_tensor(element))
<SparseTensor shape=[4] 
 values={
  [0]: 1
  [1]: 1
  [2]: 1}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={
  [3]: 1}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={
  [0]: 1
  [1]: 1}>

Пакетирование и разделение наборов данных с разреженными тензорами

Вы можете пакетировать (объединять последовательные элементы в один элемент) и разделять наборы данных с разреженными тензорами, используя методы Dataset.batch и Dataset.unbatch соответственно.

batched_dataset = dataset.batch(2)
for element in batched_dataset:
  print (pprint_sparse_tensor(element))
<SparseTensor shape=[2, 4] 
 values={
  [0, 0]: 1
  [0, 1]: 1
  [0, 2]: 1}>
<SparseTensor shape=[2, 4] 
 values={}>
<SparseTensor shape=[2, 4] 
 values={
  [0, 3]: 1
  [1, 0]: 1
  [1, 1]: 1}>
unbatched_dataset = batched_dataset.unbatch()
for element in unbatched_dataset:
  print (pprint_sparse_tensor(element))
<SparseTensor shape=[4] 
 values={
  [0]: 1
  [1]: 1
  [2]: 1}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={
  [3]: 1}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={
  [0]: 1
  [1]: 1}>

Вы также можете использовать tf.data.experimental.dense_to_sparse_batch для пакетной обработки элементов набора данных различной формы в разреженные тензоры.

Преобразование наборов данных с разреженными тензорами

Преобразуйте и создайте разреженные тензоры в наборах данных с помощью Dataset.map .

transform_dataset = dataset.map(lambda x: x*2)
for i in transform_dataset:
  print(pprint_sparse_tensor(i))
<SparseTensor shape=[4] 
 values={
  [0]: 2
  [1]: 2
  [2]: 2}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={
  [3]: 2}>
<SparseTensor shape=[4] 
 values={
  [0]: 2
  [1]: 2}>

tf.train.Пример

tf.train.Example — стандартная кодировка protobuf для данных TensorFlow. При использовании разреженных тензоров с tf.train.Example вы можете:

  • Считайте данные переменной длины в tf.SparseTensor с помощью tf.io.VarLenFeature . Однако вместо этого вам следует рассмотреть возможность использования tf.io.RaggedFeature .

  • Считайте произвольные разреженные данные в tf.SparseTensor с помощью tf.io.SparseFeature , который использует три отдельных функциональных ключа для хранения indices , values и dense_shape .

tf.function

Декоратор tf.function предварительно вычисляет графы TensorFlow для функций Python, что может существенно повысить производительность вашего кода TensorFlow. Разреженные тензоры прозрачно работают как с tf.function так и с конкретными функциями .

@tf.function
def f(x,y):
  return tf.sparse.sparse_dense_matmul(x,y)

a = tf.SparseTensor(indices=[[0, 3], [2, 4]],
                    values=[15, 25],
                    dense_shape=[3, 10])

b = tf.sparse.to_dense(tf.sparse.transpose(a))

c = f(a,b)

print(c)
tf.Tensor(
[[225   0   0]
 [  0   0   0]
 [  0   0 625]], shape=(3, 3), dtype=int32)

Отличие пропущенных значений от нулевых значений

Большинство операций с tf.SparseTensor обрабатывают отсутствующие значения и явные нулевые значения. Это задумано — предполагается, что tf.SparseTensor действует точно так же, как плотный тензор.

Однако есть несколько случаев, когда может быть полезно отличить нулевые значения от пропущенных значений. В частности, это позволяет одним из способов кодировать отсутствующие/неизвестные данные в ваших обучающих данных. Например, рассмотрим вариант использования, в котором у вас есть тензор оценок (который может иметь любое значение с плавающей запятой от -Inf до +Inf) с некоторыми отсутствующими оценками. Вы можете закодировать этот тензор, используя разреженный тензор, где явные нули представляют собой известные нулевые оценки, но неявные нулевые значения фактически представляют отсутствующие данные, а не ноль.

Обратите внимание, что некоторые операции, такие как tf.sparse.reduce_max , не обрабатывают отсутствующие значения, как если бы они были равны нулю. Например, когда вы запускаете приведенный ниже блок кода, ожидаемый результат равен 0 . Однако из-за этого исключения вывод равен -3 .

print(tf.sparse.reduce_max(tf.sparse.from_dense([-5, 0, -3])))
tf.Tensor(-3, shape=(), dtype=int32)

Напротив, когда вы применяете tf.math.reduce_max к плотному тензору, выходной сигнал равен 0, как и ожидалось.

print(tf.math.reduce_max([-5, 0, -3]))
tf.Tensor(0, shape=(), dtype=int32)

Дополнительная литература и ресурсы

  • Обратитесь к руководству по тензорам, чтобы узнать о тензорах.
  • Прочтите руководство по рваным тензорам, чтобы узнать, как работать с рваными тензорами — типом тензора, позволяющим работать с неоднородными данными.
  • Ознакомьтесь с этой моделью обнаружения объектов в TensorFlow Model Garden , которая использует разреженные тензоры в декодере данных tf.Example .