PCA .ความน่าจะเป็น

ความน่าจะเป็นการวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก (PCA) เป็นเทคนิคการลดมิติที่ช่วยวิเคราะห์ข้อมูลผ่านพื้นที่แฝงมิติที่ต่ำกว่า ( Tipping และบิชอป 1999 ) มักใช้เมื่อมีค่าที่ขาดหายไปในข้อมูลหรือสำหรับการปรับขนาดหลายมิติ

นำเข้า

import functools
import warnings

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import seaborn as sns

import tensorflow.compat.v2 as tf
import tensorflow_probability as tfp

from tensorflow_probability import bijectors as tfb
from tensorflow_probability import distributions as tfd

tf.enable_v2_behavior()

plt.style.use("ggplot")
warnings.filterwarnings('ignore')

นางแบบ

พิจารณาข้อมูลชุด $\mathbf{X} = \{\mathbf{x}_n\}$ ของ $N$ จุดข้อมูลที่แต่ละจุดข้อมูลเป็น $D$มิติ, $\ mathbf {x} _n \ in \ mathbb {R} ^ D\(. We aim to represent each \)\ mathbf {x} _n ภายใต้$ ตัวแปรแฝง $\mathbf{z}_n \in \mathbb{R}^K$ กับมิติที่ต่ำกว่า $K <D\(. The set of principal axes \)\ mathbf {W}$ เกี่ยวข้องตัวแปรแฝงข้อมูล

โดยเฉพาะอย่างยิ่ง เราคิดว่าตัวแปรแฝงแต่ละตัวมีการกระจายตามปกติ

$$\begin{equation*} \mathbf{z}_n \sim N(\mathbf{0}, \mathbf{I}). \end{equation*}$$

จุดข้อมูลที่สอดคล้องกันถูกสร้างขึ้นผ่านการฉายภาพ

$$\begin{equation*} \mathbf{x}_n \mid \mathbf{z}_n \sim N(\mathbf{W}\mathbf{z}_n, \sigma^2\mathbf{I}), \end{equation*}$$

ที่เมทริกซ์ $\mathbf{W}\in\mathbb{R}^{D\times K}$ เป็นที่รู้จักกันเป็นแกนหลัก ใน PCA น่าจะเป็นเรามักจะมีความสนใจในการประมาณแกนหลัก $\mathbf{W}$ และระยะเสียง$\sigma^2$

PCA ความน่าจะเป็นโดยทั่วไป PCA แบบคลาสสิก การหาระยะขอบของตัวแปรแฝง การกระจายของจุดข้อมูลแต่ละจุดคือ

$$\begin{equation*} \mathbf{x}_n \sim N(\mathbf{0}, \mathbf{W}\mathbf{W}^\top + \sigma^2\mathbf{I}). \end{equation*}$$

PCA คลาสสิกเป็นกรณีที่เฉพาะเจาะจงของ PCA น่าจะเป็นเมื่อความแปรปรวนของเสียงจะกลายเป็นขนาดเล็กกระจิริด $\sigma^2 \to 0$

เราตั้งค่าโมเดลของเราด้านล่าง ในการวิเคราะห์ของเราเราถือว่า $\sigma$ เป็นที่รู้จักกันและแทนการจุดประมาณ $\mathbf{W}$ เป็นพารามิเตอร์รุ่นเราวางก่อนที่มากกว่านั้นเพื่อที่จะสรุปการจัดจำหน่ายมากกว่าแกนหลัก เราจะแสดงรูปแบบเป็น TFP JointDistribution เฉพาะเราจะใช้ JointDistributionCoroutineAutoBatched

def probabilistic_pca(data_dim, latent_dim, num_datapoints, stddv_datapoints):
  w = yield tfd.Normal(loc=tf.zeros([data_dim, latent_dim]),
                 scale=2.0 * tf.ones([data_dim, latent_dim]),
                 name="w")
  z = yield tfd.Normal(loc=tf.zeros([latent_dim, num_datapoints]),
                 scale=tf.ones([latent_dim, num_datapoints]),
                 name="z")
  x = yield tfd.Normal(loc=tf.matmul(w, z),
                       scale=stddv_datapoints,
                       name="x")

num_datapoints = 5000
data_dim = 2
latent_dim = 1
stddv_datapoints = 0.5

concrete_ppca_model = functools.partial(probabilistic_pca,
    data_dim=data_dim,
    latent_dim=latent_dim,
    num_datapoints=num_datapoints,
    stddv_datapoints=stddv_datapoints)

model = tfd.JointDistributionCoroutineAutoBatched(concrete_ppca_model)

ข้อมูล

เราสามารถใช้แบบจำลองเพื่อสร้างข้อมูลโดยการสุ่มตัวอย่างจากการแจกแจงร่วมกันก่อน

actual_w, actual_z, x_train = model.sample()

print("Principal axes:")
print(actual_w)

Principal axes:
tf.Tensor(
[[ 2.2801023]
 [-1.1619819]], shape=(2, 1), dtype=float32)

เราเห็นภาพชุดข้อมูล

plt.scatter(x_train[0, :], x_train[1, :], color='blue', alpha=0.1)
plt.axis([-20, 20, -20, 20])
plt.title("Data set")
plt.show()

การอนุมาน Posteriori สูงสุด

ก่อนอื่นเราค้นหาการประมาณค่าจุดของตัวแปรแฝงที่เพิ่มความหนาแน่นของความน่าจะเป็นภายหลังสูงสุด นี้เป็นที่รู้จักกันเป็นสูงสุด posteriori (MAP) การอนุมานและจะทำโดยการคำนวณค่าของ $\mathbf{W}$ และ $\mathbf{Z}$ ที่เพิ่มความหนาแน่นหลัง $p(\mathbf{W}, \mathbf{Z} \mid \mathbf{X}) \propto p(\mathbf{W}, \mathbf{Z}, \mathbf{X})$

w = tf.Variable(tf.random.normal([data_dim, latent_dim]))
z = tf.Variable(tf.random.normal([latent_dim, num_datapoints]))

target_log_prob_fn = lambda w, z: model.log_prob((w, z, x_train))
losses = tfp.math.minimize(
    lambda: -target_log_prob_fn(w, z),
    optimizer=tf.optimizers.Adam(learning_rate=0.05),
    num_steps=200)

plt.plot(losses)

[<matplotlib.lines.Line2D at 0x7f19897a42e8>]

เราสามารถใช้แบบจำลองเพื่อใช้ข้อมูลตัวอย่างสำหรับค่าอนุมานสำหรับ $\mathbf{W}$ และ $\mathbf{Z}$และเปรียบเทียบกับชุดข้อมูลที่เกิดขึ้นจริงเราปรับอากาศบน

print("MAP-estimated axes:")
print(w)

_, _, x_generated = model.sample(value=(w, z, None))

plt.scatter(x_train[0, :], x_train[1, :], color='blue', alpha=0.1, label='Actual data')
plt.scatter(x_generated[0, :], x_generated[1, :], color='red', alpha=0.1, label='Simulated data (MAP)')
plt.legend()
plt.axis([-20, 20, -20, 20])
plt.show()

MAP-estimated axes:
<tf.Variable 'Variable:0' shape=(2, 1) dtype=float32, numpy=
array([[ 2.9135954],
       [-1.4826864]], dtype=float32)>

การอนุมานแบบแปรผัน

MAP สามารถใช้เพื่อค้นหาโหมด (หรือโหมดใดโหมดหนึ่ง) ของการแจกแจงภายหลัง แต่ไม่ได้ให้ข้อมูลเชิงลึกอื่นๆ เกี่ยวกับโหมดนี้ ต่อไปเราจะใช้การอนุมานแปรผันที่หลัง Distribtion $p(\mathbf{W}, \mathbf{Z} \mid \mathbf{X})$ เป็นห้วงใช้การกระจายแปรผัน $q(\mathbf{W}, \mathbf{Z})$ parametrised โดย $\boldsymbol{\lambda}$จุดมุ่งหมายคือการหาพารามิเตอร์แปรผัน $\boldsymbol{\lambda}$ ที่ลดความแตกต่างระหว่าง KL Q และหลัง, $\mathrm{KL}(q(\mathbf{W}, \mathbf{Z}) \mid\mid p(\mathbf{W}, \mathbf{Z} \mid \mathbf{X}))$หรือเท่าที่เพิ่มหลักฐานที่ต่ำกว่าผูกพัน $\mathbb{E}_{q(\mathbf{W},\mathbf{Z};\boldsymbol{\lambda})}\left[ \log p(\mathbf{W},\mathbf{Z},\mathbf{X}) - \log q(\mathbf{W},\mathbf{Z}; \boldsymbol{\lambda}) \right]$

qw_mean = tf.Variable(tf.random.normal([data_dim, latent_dim]))
qz_mean = tf.Variable(tf.random.normal([latent_dim, num_datapoints]))
qw_stddv = tfp.util.TransformedVariable(1e-4 * tf.ones([data_dim, latent_dim]),
                                        bijector=tfb.Softplus())
qz_stddv = tfp.util.TransformedVariable(
    1e-4 * tf.ones([latent_dim, num_datapoints]),
    bijector=tfb.Softplus())
def factored_normal_variational_model():
  qw = yield tfd.Normal(loc=qw_mean, scale=qw_stddv, name="qw")
  qz = yield tfd.Normal(loc=qz_mean, scale=qz_stddv, name="qz")

surrogate_posterior = tfd.JointDistributionCoroutineAutoBatched(
    factored_normal_variational_model)

losses = tfp.vi.fit_surrogate_posterior(
    target_log_prob_fn,
    surrogate_posterior=surrogate_posterior,
    optimizer=tf.optimizers.Adam(learning_rate=0.05),
    num_steps=200)

print("Inferred axes:")
print(qw_mean)
print("Standard Deviation:")
print(qw_stddv)

plt.plot(losses)
plt.show()

Inferred axes:
<tf.Variable 'Variable:0' shape=(2, 1) dtype=float32, numpy=
array([[ 2.4168603],
       [-1.2236133]], dtype=float32)>
Standard Deviation:
<TransformedVariable: dtype=float32, shape=[2, 1], fn="softplus", numpy=
array([[0.0042499 ],
       [0.00598824]], dtype=float32)>

posterior_samples = surrogate_posterior.sample(50)
_, _, x_generated = model.sample(value=(posterior_samples))

# It's a pain to plot all 5000 points for each of our 50 posterior samples, so
# let's subsample to get the gist of the distribution.
x_generated = tf.reshape(tf.transpose(x_generated, [1, 0, 2]), (2, -1))[:, ::47]

plt.scatter(x_train[0, :], x_train[1, :], color='blue', alpha=0.1, label='Actual data')
plt.scatter(x_generated[0, :], x_generated[1, :], color='red', alpha=0.1, label='Simulated data (VI)')
plt.legend()
plt.axis([-20, 20, -20, 20])
plt.show()

รับทราบ

กวดวิชานี้ถูกเขียนเดิมในเอ็ดเวิร์ด 1.0 ( แหล่งที่มา ) เราขอขอบคุณผู้ร่วมเขียนข้อความและแก้ไขเวอร์ชันนั้น

อ้างอิง

[1]: Michael E. Tipping และ Christopher M. Bishop การวิเคราะห์องค์ประกอบหลักความน่าจะเป็น วารสารของสมาคมสถิติ: Series B (วิธีการทางสถิติ), 61 (3): 611-622 1999